وفقا لأحكام المادة 48/ 4 من النظام الداخلي، يستطيع المجلس أن يشكل لجاناً خاصة (مؤقتة) لأغراض آنية أو دائمة ولأهداف محددة. حيث يقوم بتشكيلها بعدد من أعضاء المجلس ويتحدد عملها وصلاحياتها في ضوء القضية المشكلة لأجلها. وقد تكون هذه اللجان للبحث والتدقيق، أو تقصي الحقائق وتقييم حالات، أو مراجعة قضايا أحالها المجلس إليها. وينتهي عمل هذه اللجنة بانتهاء عملها.

شكل المجلس خلال دوراته العشرة العديد من اللجان المؤقتة التي أوكل لها مهام محددة وكان من أهمها لجان تقصي الحقائق حول قضايا متنوعة صحية وبيئية (تسرب شبكات الصرف الصحي) واقتصادية (الشركات الاحتكارية) وقضايا تتعلق بالحريات العامة وحقوق الإنسان (تقرير هيئة الرقابة العامة، الاعتداءات على المواطنين وأعضاء المجلس التشريعي، التدهور الأمني، فوضى السلاح) والقضايا السياسية (ملف المعتقلين السياسيين، الحوار الوطني، تنفيذ قرارات المجلس، عملية الإصلاح، مشروع القانون الأساسي، مشروع قانون الانتخابات العامة، مشروع قانون الأحزاب السياسية) وقضايا المفاوضات ( ملف المعابر، الانسحاب من غزة، ميناء غزة) وأخرى تنظيمية خاصة بعمل المجلس (وضع آلية لعمل اللجان، البث المباشر لجلسات المجلس، عملية إصلاح وتطوير عمل المجلس)، وفيما يلي جدول باللجان المؤقتة التي شكلها المجلس خلال دوراته العشرة:

الدورة	الأولى	الثانية	الثالثة	الرابعة	الخامسة	السادسة	السابعة	الثامنة	التاسعة	العاشرة	المجموع
العدد	19	2	3	1	2	3	3	--	6	6	45