أقر قانون الانتخابات المشار إليه نظاما انتخابيا مختلطا مناصفة في عدد مقاعد المجلس؛ 50% حسب النظام النسبي أو نظام القوائم، الذي يعتبر الأراضي الفلسطينية كلها دائرة انتخابية واحدة، ويتم انتخاب النصف الآخر( 50% )حسب نظام الدوائر الانتخابية المتعددة غير المتساوية .

وبناء على ذلك النظام فقد تم انتخاب 66 نائبا على النظام النسبي و66 نائبا على نظام الدوائر موزعين على 16 دائرة انتخابية تمثل المحافظات الفلسطينية .

خصص قانون الانتخابات العامة ستة مقاعد للمسيحيين ضمن المقاعد المخصصة للدوائر، يتم تحديدها بمرسوم رئاسي، كما فرض القانون على القوائم تخصيص مقاعد مضمونة للمرأة بحيث تكون امراة واحدة من بين الأسماء الثلاثة الأولى، وامرة ثالثة في كل خمسة أسماء لاحقة وهكذا.

أظهرت نتائج الانتخابات تفوق قائمة التغيير والإصلاح / حماس بمقعد واحد على حركة فتح في انتخابات القوائم، بينما كان الفارق في الدوائر 28 مقعدا لصالح كتلة التغيير والإصلاح.

الرقم	الكتلة	نظام القوائم	الدوائر	المجموع
1	كتلة التغيير والإصلاح / حماس	29	45	74
2	حركة فتح	28	17	45
3	قائمة الشهيد أبو علي مصطفى/ الجبهة الشعبية	3	- -	3
4	قائمة البديل (تحالف الجبهة الديمقراطية وحزب الشعب وفدا والمستقلين)	2	--	2
5	الطريق الثالث	2	--	2
6	قائمة فلسطين المستقلة / إئتلاف المبادرة والمستقلين	2	--	2
7	مستقلون دعمتهم حماس	--	4	4
8	المجموع	66	66	132

عقد المجلس التشريعي الفلسطيني الثاني جلسته الاولى في 18شباط / فبراير 2006 في مقر الرئاسة الفلسطينية في رام الله بدعوة من الرئيس محمود عباس أبو مازن رئيس السلطة الوطنية الفلسطينية ، حيث أدى الاعضاء الجدد القسم وانتخبوا هيئة مكتب رئاسة المجلس، وتوزع أعضاء المجلس ال132 على 14 لجنة برلمانية دائمة هي:

1- اللجنة السياسية

2- اللجنة الاقتصادية

3- لجنة الموازنة والشؤون المالية

4- لجنة التربية والتعليم

5- اللجنة القانونية

6- لجنة التربية والقضايا الاجتماعية

7- لجنة الرقابة العامة وحقوق الإنسان

8- لجنة الامن والداخلية

9- لجنة الحكم المحلي

10- لجنة الطاقة والمصادر الطبيعية

11- لجنة القدس

12- لجنة اللاجئين

13- لجنة الاراضي ومقاومة الاستيطان

14- لجنة الشهداء والأسرى والجرحى والمقاتلين القدامى

كان من بين النواب الفائزين سبعة أسرى في سجون الإحتلال هم : مروان البرغوثي وجمال حويل ومحمد أبو علي وجميعهم من قائمة حركة فتح، ومحمد علاء الدين النتشة وحسن خليل وعزام سلهب وهم من كتلة الإصلاح والتغيير، كتلة حركة حماس ، وأحمد سعدات من قائمة الشهيد أبو علي مصطفى المحسوبة على الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين.

* الكتل البرلمانية

ينص النظام الداخلي للمجلس التشريعي في المواد (5،6،7 ) : بأنه يجوز لعدد من النواب الانتظام في كتلة برلمانية شريطة أن لا يقل عددهم عن ( 10 أعضاء) 5% من مجموع عدد أعضاء المجلس ، وأن لا ينتمي العضو لأكثر من كتلة . كما ينص قانون واجبات وحقوق النائب على جواز أن تضع الكتلة البرلمانية لائحة تنظيمية تنظم عملها في المواد ( 18، 19، 20).

هذه النصوص القانونية تنطبق فقط على كتلتي التغيير والإصلاح وحركة فتح، لأنهما تمتلكان النسبة الضرورية من عدد النواب لتشكيل كتلة برلمانية، أما باقي القوائم فقد ظل التعامل معها بصفتها قوائم وليس كتل، وبصفة أعضائها نوابا وحسب.

عقد المجلس التشريعي الثاني 27 جلسة برلمانية ، قبل ان يدخل في مرحلة التعطيل التي بدأت في صيف عام 2007 بعد الانقلاب العسكري لحركة حماس في قطاع غزة يوم :14حزيران/يونيو 2007 ، وبعد أن رفضت كتلة حماس البرلمانية دعوة السيد الرئيس محمود عباس أبو مازن رئيس السلطة الوطنية الفلسطينية افتتاح الدورة الثانية للمجلس التشريعي في : 11 / 7/ 2007 .

الجلسات المشار إليها لم تنجح في إقرار أي تشريع أو أي قانون كما لم يتم لم أي ممارسة طبيعية للرقابة على دور الحكومة، بسبب الدور السلبي لكتلة الإصلاح والتغيير، كتلة حركة حماس؛ فهذه الكتلة أدخلت المجلس في نقاشات سياسية عامة، تلك النقاشات التي كانت تتم على حساب الدور الرئيس للمجلس بصفته برلمان الشعب الفلسطيني المنتخب ؛ فالمجلس دخل في سجالات سياسية لا طائل منها، الأمر الذي أدى إلى تراجع دوره التشريعي والرقابي.

على إثر أسر الجندي الإسرائيلي جلعاد شاليط في قطاع غزة على يد حركة حماس بتاريخ 26/6 /2006 قامت قوات الإحتلال الإسرائيلي في الضفة الغربية باعتقال أكثر من 32 نائبا جميعهم من كتلة التغيير والإصلاح .

خَطف النواب من قبل قوات الاحتلال الإسرائيلي أثر بشكل سلبي على الحياة البرلمانية وعلى أداء المجلس التشريعي ، هذا المجلس الذي أُصيب بالشلل التام بعد انقلاب حركة حماس في قطاع غزة بتاريخ 14/6/2007 وبعد رفض كتلة حركة حماس البرلمانية دعوة رئيس السلطة الوطنية لافتتاح الدورة الثانية بتاريخ: 11تموز/ يوليو 2007 .

بعد ذلك لم يعد للمجلس التشريعي هيئة رئاسة ولا لجان دائمة؛ لكون هذه الهيئة يجب انتخابها مطلع كل دورة برلمانية تكون مدتها عام كامل، حسب النظام الداخلي للمجلس التشريعي الفلسطيني، كما يعاد تشكيل اللجان البرلمانية بنفس الطريقة في مطلع كل دورة برلمانية (انظر الوضع الحالي للمجلس التشريعي).